西历2079年，迷之机械细胞群突然开始了世界规模的人类讨伐作战计划。 经过了2年的长期抗战之后，处于劣势的人类动用了最终破坏兵器，为了歼灭敌人，甚至不惜付出牺牲自己国家庞大国土的代价。于是主要大陆被分成了数块，南极大陆也消失了，地球上的50%以上的土地都被海水所淹没。就这样经过了3年…… 听闻原以为已经被彻底消灭了的敌人却突然卷土重来…… 为了确定消息的真伪，一艘秘密航空巡洋舰“攻龙”秘密从曰本出发。“攻龙”是一艘汇集了曰本所有最先进设计思想而制成的战斗机，机身搭载有音速加速器，总共有“零神”“风神”“雷神”3机。操纵着音速加速器的是三个年轻的少女：樱野音羽、园宫可怜、一条瑛花。她们三人就是被称为了sky girls的驾驶员。人类的未来和希望。一切都掌握在了她们手中…… 展翅高飞的时刻到来了！